上海市市南中学创办于1860年，1880年改为清心书院，1908年更名为清心中学。1953年由市人民政府接办，改名市南中学，距今有一百五十五年的历史。有着深厚历史文化底蕴的百年市南，曾滋养了诺贝尔奖获得者李政道、被称为“中国现代大学之父”的教育家郭秉文、商务印书馆创办人夏瑞芳、漫画家丁聪、“医学泰斗”史玉泉、著名表演艺术家焦晃等一大批杰出人物。

市南中学以“厚德·日新”为校训，秉承“学会做人、学会做事、学会求知”的办学理念，在“严谨、求实、自强、奋进”的市南精神引领下，以“把学校办成管理精、队伍强、课堂优，受到学生喜欢和社会认可的完全中学”为办学目标，以绿色指标为引领，“把学生培养成有道德、有能力、有知识的合格公民，并具有可持续发展学力的人才”为培养目标，深入课改实践，创新驱动发展，坚持走规范化——精细化——特色化的办学之路，努力办人民满意的教育，办学生喜欢的学校。

近年来，学校全面贯彻党的教育方针，坚持诚信办学，不断发扬学校精神，形成具有学校自身特点的“爱国、爱校、爱家”的爱国主义教育系列，构建了“人才从市南走出”的校本课程，全面推进素质教育，求突破，谋发展，积极推进了学校各方面工作不断健康发展。

   在全校师生的共同努力下，学校各方面工作不断上台阶，目前，学校是上海市文明单位、上海市优秀家庭教育指导基地、上海市优秀家长学校、上海市学校德育工作先进集体、上海市安全文明校园、上海市中小学心理健康教育达标校、上海市健康促进学校、、上海市优秀志愿服务集体、黄浦区中小学行为规范星级示范校、黄浦区中小学艺术教育特色学校、黄浦区科技教育特色学校、黄浦区市民学习基地、体育特色学校，黄浦区绿色学校。