学校切实推进学校体育工作的落实和完善，通过提高体育课课堂教学质量、开足开齐三课两操两活动、定期举行校园阳光体育活动、举办一年一度学校田径运动会、坚持开展跆拳道和排球两个特色体育项目等途径，保障学生每天活动一小时，全面推进学校体育工作。同时学校加强对体育场地和体育设施的投资，改善师生体育活动条件。严格落实学生体质健康达标工作，为保障学生良好体质健康打下基础。

学校健全卫生预防体系，学生卫生健康有保障。学校设有专门的卫生老师和卫生室，卫生保健室按标准配置。每周开设一次全校性的卫生保健课，对学生进行卫生知识的普及和宣传。学校认真落实学生医保制度，定期开展学生体检，对学生视力和牙齿情况进行跟踪记录，建立学生健康档案。后勤部门配备了专门的清洁人员，对公共卫生和师生健康进行保障。各部门都制定了严格的工作制度和要求，每天按要求开展工作。认真落实晨报晨检制度，做好缺勤学生的情况调查、统计和上报工作，对水痘等传染性疾病做好及时消毒、清洁和隔离的工作。每学期定期对食堂的卫生状况进行检查，确保食品安全。学校加强控烟宣传，打造无烟学校。

市南中学是上海市中小学心理健康达标校，学校按标准配备有心理咨询室，添置了心理健康教育的各种设施设备。学校配置专职心理教师1名，在预备和高一年级开设心理健康课程，在拓展型课程中也开设与心理健康相关的课程。学校每学期举行一次心理健康教育周活动，成立学生心理社团，进行心理小报评选，每周一次心理健康教育广播，每学期向家长进行学生心理健康知识的宣传和普及。学校关注特殊学生的心理健康，建立了校、班两级心理危机干预网络，学校也多次在黄浦区和上海市进行心理健康教育的经验交流。